Quoi de plus naturel que la description des formes et y a t-il plus ingénu que le souci minutieux avec lequel le naturaliste dissèque, examine et fixe les contours de tel ou tel organe avant de se livrer à l'expérimentation ? Avant de dérouler le drame physiologique qui révélera les rôles tenus par les différents appareils, l'anatomiste s' attache en quelque sorte à monter la scène et à préciser méthodiquement le décor : la bonne logique veut donc que l'observation morphologique précède l'étude fonctionnelle. Le naturaliste travaille mutatis mutandis comme l'historien des guerres anciennes
- Dieu sait au passage combien la biologie exploite le langage militaire - qui se préoccupe de décrire les lieux, le relief du sol où se jouera la bataille, avant de mettre en jeu le courage des soldats ou l'initiative des généraux, comme si parfois les péripéties de la lutte et la signification des manoeuvres s'inscrivaient dans les plis du terrain. En biologie, plus encore, les fonctions semblent comme ancrées dans les dispositifs matériels. Le substratum anatomique porte le phénomène physiologique, aide à le comprendre et permettrait même de le connaître.

Il faut croire que le bon sens n'a pas manqué aux philosophes puisque les plus illustres conseillent une telle méthode, transparente à leurs yeux: sans parler du Timée de Platon ou d'Aristote, Auguste Comte s'est le mieux expliqué à ce sujet, avec plus de détails que Descartes qui n'hésitait pas à écrire:
" Ces fonctions (comme la digestion des viandes, le battement du coeur, la nourriture et la croissance des membres) suivent tout naturellement en cette machine de la seule disposition de ces organes, ni plus ni moins que font les mouvements d'une horloge, ou autre automate, de celle de ses contrepoids et de ses roues, on sorte qu'il ne faut point à leur occasion concevoir en elle aucune autre âme végétative ni sensitive [...] que son sang et ses esprits agités par la chaleur du feu qui brûle continuellement dans son coeur" (12). Plutôt que de recourir à des principes métaphysiques et incontrôlables, Descartes nous engage donc à regarder de près la tuyauterie organique, certain que de la perception claire de cette machinerie sortira une conception distincte sur le mécanisme fonctionnel. Chez Auguste Comte l'idée s'épanouit : "Ma définition de la science biologique s'écarte beaucoup, il est vrai, des habitudes actuelles en ce qu'elle a peu d'égards à la distinction vulgaire entre l'Anatomie et la Physiologie qui s'y trouvent intimement combinées. Je dois, à ce sujet, directement avouer avec franchise que, ni sous le point de vue dogmatique ni sous l'aspect historique, je ne reconnais de motifs suffisants pour maintenir la séparation ordinaire entre ces deux faces, rationnellement inséparables à mes yeux, d'un problème unique" (13). La physiologie représente l'état dynamique qu'il faut savoir rattacher à l'état statique. À vrai dire, la physiologie est comme la complication ou la superstructure de l'anatomie et personne ne contestera qu'il soit indispensable de connaître la structure d'un organe avant d'en étudier le jeu. C'est la raison pour laquelle, dans la classification des sciences biologiques, l'une précède et commande l'autre.

Auguste Comte célèbre Xavier Bichat. Or, celui-ci ouvre une ère nouvelle et bouleverse précisément toute la question: l'anatomie microscopique relaye parallèlement l'anatomie des organes défaillante et presque anthropomorphique, en tout cas aperçue à travers les dimensions et les métaphores humaines. Le microscope aide à instituer une description sans rapport avec l'ancienne ni quant à l'objet ni surtout quant à la méthode. Et le positivisme ne connaît que cette anatomie rationnelle ou anatomie des tissus. Non seulement nous nous ouvrons à l'étrange univers des fibres, des cellules, des réticulums, mais nous poursuivons une savante décomposition: on part du tissu fondamental pour en dériver successivement les divers tissus de protection (osseux, scléreux, fibreux, cartilagineux) obtenus par condensation et consolidation. Bichat engendre également, à partir de son tissu fondamental, le groupe des tissus locomoteurs, le musculaire et le nerveux. Avec la substance interstitielle et les cellules, la micro-scopie fait de la vie, comme le géomètre de la géométrie avec de la craie. Remonter ensuite du tissu à l'organe, puis de l'organe à l'appareil suscite moins d'attrait.

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