Vous avez à choisir parmi ces quelques pistes ce qui peut vous aider à comprendre le texte,  cela ne doit pas vous détourner de chercher et de penser par vous même.

Pour la recherche des idées: 

==> En soi, désigne l'essence, ce que cela est: 
une chose peut être ce qui est par soi, ce qui a sa raison d'être en soi: l'absolu, ce qui commande catégoriquement, indépendamment de toute condition.
Ce peut être aussi ce qui a sa raison d'être hors de soi, ce qui est relatif. Dans ce cas l'essence porte en elle une dépendance par rapport à ce qui n'est pas elle: il est évident que si la soumission à la morale porte en elle autre chose que la volonté de faire le devoir par devoir, par exemple un sentiment ou un intérêt sensible, on n'agit pas en se soumettant par devoir mais conformément au devoir,  le rapport à la morale n'est qu'une apparence; en soi la soumission n'est pas soumission à la morale au devoir.

Si la soumission à la morale a pour origine autre chose que la morale, elle est soumise à une hypothèse et obéit à un impératif hypothétique: par exemple, si tu veux échapper à la mort, soumets-toi au souverain qui détient la puissance de te faire mourir.

=> Vous remarquerez que Nietzsche donne plusieurs exemples d'ordre psychologiques: mais un ou plusieurs exemples ne prouvent rien. Il cherche donc davantage à persuader qu'à convaincre.

=> D'ailleurs, l'affaire est entendue, comme on dit, dès le début, dans la mesure où il parle de soumission et non pas d'obéissance au devoir par devoir: en partant ainsi d'un préjugé, il arrive à ne plus parler de la morale, ce qui en un certain sens est utile à sa thèse: la soumission à la morale est sans rapport avec la morale. Mais cela fragilise aussi la pertinence de sa critique en ce qui concerne la morale. 
Il se donne au départ ce qu'il n'aura plus qu'à déduire à la fin: en soi, la soumission à la morale n'a rien de moral. C'est une faiblesse et une lâcheté.

==> Due = a pour origine réelle qui n'est pas ce qu'elle prétend être.

==> Peut: l'emploi de ce terme marque qu'il peut y avoir des exceptions. C'est simplement possible, ce n'est pas nécessairement dans tous les cas. L'auteur semble ne pas fermer la porte à une grande morale qui se moquerait de cette morale des faibles. Qui en affirmant, s'affirmerait.

=> Kant et son impératif catégorique. Kant admettait que dans la réalité, on n'agit peut être jamais par devoir mais le plus souvent conformément au devoir. Pour lui, cependant, cela ne changeait rien au commandement absolu de la raison pratique. L'impératif catégorique a sa raison d'être en soi, il joue non seulement le rôle d'un critère pour juger de la moralité d'une action mais encore le rôle d'une idée régulatrice pour garder le cap dans une vie humaine.

==> La question: que peut ce qui est (la soumission ...) contre ce qui doit être (l'exigence de l'impératif catégorique)? Tous les exemples que nous donne Nietzsche pour nous persuader  que la soumission à la morale n'a pas de rapport un  avec la morale sont excellents mais, ils ne peuvent rien contre l'obéissance à la loi qu'on s'est prescrite, à l'impératif catégorique, au meilleur de nous même: la raison pratique. L'auteur en conviendrait.

Bonne continuation